С 2013 года Янкер был помощником главного тренера венского «Рапида» (за этот клуб он выступал и в качестве игрока). «Хорн» в минувшем сезоне выступал во втором австрийском дивизионе, заняв последнее, десятое место в турнирной таблице.
В составе «Баварии» Карстен четыре раза выигрывал чемпионат Германии, дважды становился обладателем Кубка Германии, по разу побеждал в Лиге чемпионов и Межконтинентальном кубке. В 2002 году он стал вице-чемпионом мира, играя за сборную Германии.